Le quartier général du Comte, l'Arche de Noah, étrange édifice permettant aux rares personnes capable de la contrôler (appelés interprêtes) de se rendre où bon leur semble, fut subtilisée au Comte avant sa destruction par l'héritier du Quatorzième, Allen Walker. Celui-ci, avec ses compagnons, parvint à en prendre le contrôle suite à de nombreux affrontements, avant que son téléchargement vers la nouvelle Arche noire du Comte soit terminé. Afin de récupérer l'Oeuf, l'usine d'Akumas qui se trouvait dans l'arche blanche, le Comte Millénaire lança une attaque sur le quartier général de la Congrégation de l'Ombre, qui fut détruite suite à l'apparition du premier Akuma de niveau quatre. Après s'être sortie de justesse de ce mauvais pas, la Congrégation a peu à peu regonflé ses effectifs et a fini par recouvrer ses forces.